Via praktijkgericht onderzoek en dienstverlening bieden we een oplossingsgerichte aanpak.
Het Bio-informatica Kenniscentrum (BiKC) aan Howest werd in 2018 opgericht binnen de Engelstalige opleiding advanced bachelor of bioinformatics (BIT). Veel laboratoria en bedrijven hebben niet de kennis, expertise of middelen om een fulltime bio-informaticus aan te nemen. Het bio-informatica kenniscentrum speelt hierop in met praktijkgericht onderzoek en dienstverlening. Op maat gemaakte applicaties kunnen worden ontworpen om o.a. biomedische en biotechnologische gegevens te analyseren en visualiseren en, afhankelijk van de vraagstelling, kunnen deze gecombineerd worden met databases voor gegevensopslag en gegevensbeheer. Pipelines en bio-informatica-oplossingen in containers worden ontwikkeld door middel van automatisering en scripting met behulp van bv. bash, R en Python. De grote hoeveelheden publiek beschikbare data laten bovendien toe om soms nieuwe hypothesen te genereren en nieuwe inzichten te verkrijgen.
Binnen het kenniscentrum werd recent in samenwerking met de opleiding Biomedische Laboratoriumtechnologie (BLT) het Howest nanopore lab opgericht. Dit nanopore lab richt zich op nanopore technologie, de nieuwste derde generatie DNA sequencing technologie, waarmee je snel en betaalbaar in realtime de code van DNA en RNA in elk soort staal kan analyseren. Afhankelijk van de toepassingen kunnen er aan werkveldpartners zeer interessante totaaloplossingen geboden worden met zowel wet lab als dry lab analyses waarbij de ganse workflow van staal tot rapportering snel en efficiënt binnen dezelfde onderzoeksgroep kan worden doorlopen.
Het BiKC werkt samen met Blikopener, een initiatief van de Vlaamse Hogescholenraad om organisaties te sensibiliseren en te adviseren op vlak van innovatie. Blikopener helpt het BiKC om nieuwe ideeën te genereren, collectieve betrokkenheid te creëren en 'proof of concepts' te realiseren. Zo kan het BiKC zijn expertise en diensten nog beter afstemmen op de noden van de markt en de maatschappij. Klik hier voor meer informatie.
Afhankelijk van de toepassing ontwikkelen we totaaloplossingen met zowel wet lab als dry lab analyses waarbij de ganse workflow van staal tot rapportering wordt geautomatiseerd.
Ben je eerder geïnteresseerd om zelf de analyses te kunnen uitvoeren? Dat kan! Aan Howest bieden wij zowel de bachelor Biomedische Laboratoriumtechnologie (BLT) aan, alsook de Advanced Bachelor of Bioinformatics (banaba BIT). Daarnaast organiseren we verschillende cursussen en workshops in het kader van levenslang leren.
Hier vind je informatie over onze laatste nieuwtjes, applicaties, berichten. Dit geeft u alvast een kleine inkijk in ons kunnen!
RamplotR is een R-Shiny-app die de Ramachandran-plot van een bepaalde PDB-code of -bestand visualiseert.
MS-PEP data analyzer is een R-Shiny app ontwikkeld in samenwerking met het laboratorium van medische biochemie van universiteit Antwerpen (UAntwerpen).
Fasta to GFA is een klein python script dat gebruikt wordt om Fasta bestanden te converteren naar GFA bestanden voor visualisatie in Bandage.
Je kan natuurlijk geen expert zijn in alles. Voor de meeste van onze projecten kunnen we rekenen op, en werken we samen met een volledig netwerk van werkveldpartners.
