RamplotR is een R-Shiny-app die de Ramachandran-plot van een bepaalde PDB-code of -bestand visualiseert.
Het heeft ook extra functies, zoals volledige aanpassing van de kleuren van de plot en welke resten moeten worden weergegeven.
Naast alleen de kleurschema's, heeft het ook een aanpasbare achtergronddichtheidsplot. De standaardplot is gebaseerd op de 500 structuren die zijn beschreven in het artikel van Lovell et al.. De dichtheden zijn berekend voor alle residuen en voor de afzonderlijke aminozuren. Daarnaast is er ook een dichtheidsmatrix berekend voor alle pre-proline aminozuren zoals dit ook in het artikel werd vermeld. Naast deze dichtheden werden ook enkele andere referentiedatasets gebruikt. Op het moment van schrijven zijn dit de Alphafold MANE select set versie 3 (bestaande uit 17334 structuren) en een subset van deze dataset die alleen residuen bevat met een pLDDT > 90, aangezien dit wordt beschreven door alphafold als Regio's met pLDDT > 90 zullen naar verwachting met hoge nauwkeurigheid worden gemodelleerd. Deze zouden geschikt moeten zijn voor elke toepassing die profiteert van een hoge nauwkeurigheid (bijvoorbeeld het karakteriseren van bindingsplaatsen).
De achtergronddichtheidsmatrix is ??opgesplitst in vier regio's. Deze regio's zijn de "favoured", "allowed", "generously allowed" en "not allowed" regios. Het gebied waar 85% van de residuen in valt, is het "favoured" gebied. Tussen 85 en 98 is het "allowed" gebied, tussen 98 en 99.95 is het "generously allowed" gebied en wanneer een residu in het gebied valt waar minder dan 0,05% van alle residuen van alle structuren in de referentiedataset valt, wordt dit als "not allowed" beschoud. Er wordt altijd een lijst gemaakt van de residuen per regio die ook in de webapplicatie wordt getoond. Deze lijst wordt dynamisch bijgewerkt op basis van de geselecteerde achtergrond en/of residuen.
Op dit moment zijn de Ramachandran-plots alleen berekend voor de phi- en psi-hoeken, en nog niet voor de chi-hoeken. Om de hoeken te berekenen, wordt het R-pakket "bio3d" gebruikt.
Als leuke toevoeging wordt ook een interactieve 3D-plot getoond van de momenteel geïnspecteerde structuur. Deze plot is gemaakt door het NGLVieweR-pakket en kan ook niet-eiwitstructuren weergeven, zoals de liganden en/of DNA/RNA.
De RamplotR-app is beschikbaar op https://bioit.shinyapps.io/RamplotR/.
