European Biotech Week

Neem deel aan onze basis bioinformatica workshop voor het werken met sequencing data

Opgelet! Deze workshop wordt in het Engels gegeven!

In this workshop, you will learn where to find publicly available sequencing data, what the standard data formats are when working with sequencing data and how this kind of data is analyzed and visualized. Registered participants will receive a link to the Teams live stream and online course material (slides, example data, and tools). To actively participate, we recommend the use of a second screen.

Opleiden Onderzoek Dienstverlening

Het bio-informatica kenniscentrum (BiKC) en nanopore lab aan Howest is een betrouwbare partner die via praktijkgericht onderzoek op een transparante wijze kan komen tot een end-to-end benadering van de onderzoeksvraag van het werkveld binnen agrofood en gezondheid.

Analyseren Automatiseren Applicaties

Het BiKC en nanopore lab hebben een brede kennis in zowel het analyseren van de data. Deze analyse te automatiseren en zelfs om deze geautomatiseerde workflows in een gebruiksvriendelijke applicatie te gieten. Indien je vragen hebt over jouw specifieke noden, aarzel dan zeker niet om ons te contacteren!

BiKC

Bio-informatica Kenniscentrum

Via praktijkgericht onderzoek en dienstverlening bieden we een oplossingsgerichte aanpak.

Nanopore sequencing met een MinION in het bio-informatica kenniscentrum

Een betrouwbare partner voor nanopore sequencing en bio-informatica

Het Bio-informatica Kenniscentrum (BiKC) aan Howest werd in 2018 opgericht binnen de Engelstalige opleiding advanced bachelor of bioinformatics (BIT). Veel laboratoria en bedrijven hebben niet de kennis, expertise of middelen om een fulltime bio-informaticus aan te nemen. Het bio-informatica kenniscentrum speelt hierop in met praktijkgericht onderzoek en dienstverlening. Op maat gemaakte applicaties kunnen worden ontworpen om o.a. biomedische en biotechnologische gegevens te analyseren en visualiseren en, afhankelijk van de vraagstelling, kunnen deze gecombineerd worden met databases voor gegevensopslag en gegevensbeheer. Pipelines en bio-informatica-oplossingen in containers worden ontwikkeld door middel van automatisering en scripting met behulp van bv. bash, R en Python. De grote hoeveelheden publiek beschikbare data laten bovendien toe om soms nieuwe hypothesen te genereren en nieuwe inzichten te verkrijgen.

Binnen het kenniscentrum werd recent in samenwerking met de opleiding Biomedische Laboratoriumtechnologie (BLT) het Howest nanopore lab opgericht. Dit nanopore lab richt zich op nanopore technologie, de nieuwste derde generatie DNA sequencing technologie, waarmee je snel en betaalbaar in realtime de code van DNA en RNA in elk soort staal kan analyseren. Afhankelijk van de toepassingen kunnen er aan werkveldpartners zeer interessante totaaloplossingen geboden worden met zowel wet lab als dry lab analyses waarbij de ganse workflow van staal tot rapportering snel en efficiënt binnen dezelfde onderzoeksgroep kan worden doorlopen.

Services

Wat we doen

Afhankelijk van de toepassing ontwikkelen we totaaloplossingen met zowel wet lab als dry lab analyses waarbij de ganse workflow van staal tot rapportering wordt geautomatiseerd.

Nanopore sequencing

Toepassingen voor zowel targeted sequencing als microbiële identificatie

Data analyse

Biologische data die geanalyseerd moet worden? Ons team heeft veel expertise op verschillende gebieden!

Automatisatie

Gedaan met manueel te knippen en plakken. Via aangepaste pipelines automatiseren we waar nodig

Applicaties bouwen

Op maat gemaakte applicaties in R(shiny) of python voor uw specifieke noden en toepassingen

Consulting

Wij helpen je graag met je specifieke vraag met ons aanbod op maat. Contacteer ons voor een afspraak

Ontwerpen end-to-end-workflows

Met 1 druk op de knop stromen de resultaten binnen

Opleiden voor de toekomst

Ben je eerder geïnteresseerd om zelf de analyses te kunnen uitvoeren? Dat kan! Aan Howest bieden wij zowel de bachelor Biomedische Laboratoriumtechnologie (BLT) aan, alsook de Advanced Bachelor of Bioinformatics (banaba BIT). Daarnaast organiseren we verschillende cursussen en workshops in het kader van levenslang leren.

Nieuws

Nieuws en blogberichten

Hier vind je informatie over onze laatste nieuwtjes, applicaties, berichten. Dit geeft u alvast een kleine inkijk in ons kunnen!

MS-PEP data analyzer

MS-PEP data analyzer is een R-Shiny app ontwikkeld in samenwerking met het laboratorium van medische biochemie van universiteit Antwerpen (UAntwerpen).

Rshiny 2022-05-05

Fasta to GFA

Fasta to GFA is een klein python script dat gebruikt wordt om Fasta bestanden te converteren naar GFA bestanden voor visualisatie in Bandage.

Python 2021-10-26

Fasta to GTF script

Fasta to GFA is een klein python script dat gebruikt wordt om Fasta bestanden te converteren naar GFA bestanden voor visualisatie in Bandage.

Python 2021-10-26
Partners

Onze werkveldpartners

Je kan natuurlijk geen expert zijn in alles. Voor de meeste van onze projecten kunnen we rekenen op, en werken we samen met een volledig netwerk van werkveldpartners.

Belgisch Diabetes Register
Partner in CRIG
Partner in GGIG
Ghent University
University hospital Ghent
Institute for Agricultural and Fisheries Research
University of Antwerp
Poulpharm
KdG
Vives